Организаторы
Летняя школа в рамках конференции “Информационные технологии для персонализированной медицины”
Летняя школа анализа биомедицинских данных
6 - 19 июля 2022 г
Оффлайн, г. Долгопрудный, МФТИ
Мероприятие проводится в рамках реализации Гранта Министерства науки и высшего образования РФ «Программа создания и развития на 2020-2025 годы «Национального центра персонализированной медицины эндокринных заболеваний» (Cоглашение №075-15-2022-310 от 20.04.2022)»
Добавьте напоминание себе в google календарь, чтобы не потерять событие!
При осложнении эпидемиологической обстановки возможно проведение школы в формате онлайн
Партнеры
Партнеры
Участвуйте в ежегодной масштабной онлайн-конференции и будьте в курсе последних разработок!
Подайте тезисы и постеры!
О летней школе
Летняя школа даст вам возможность приобрести навыки обработки биомедицинских данных и состоит из трех частей: вводной, теоретической и практической. Также летняя школа предусматривает три трека: Биоинформатика (она же вирусология или филогенетика), Анализ NGS данных и Лаб генетика.

Во вводной части участники получат необходимые для работы навыки: основы молекулярной биологии, базовые навыки программирования на Python и работы в командной строке. В теоретической — выберут одно из двух направлений, посвященных разным областям анализа биоинформатических данных: вирусология или медицинская генетика, и научатся анализировать биомедицинские данные согласно общепризнанным стандартам. В финале летней школы участников ждет практическую работа и обратная связь по ее итогам от преподавателей.

Более детальное описание треков:
  1. Биоинформатика — в нуклеотидных и аминокислотных последовательностях вирусов зашифрована информация о динамике распространения, эволюции и патогенности этих облигатных внутриклеточных паразитов. В рамках школы мы научимся расшифровать этот код.
  2. Анализ NGS данных — про то, как создавать пайплайны для обработки и анализа данных секвенирования, в частности для медицинских целей.
  3. Лаб генетика — про то, как проводить клиническую интерпретацию данных NGS с целью диагностики наследственных заболеваний.
Фотографии участников
Расписание школы
1 неделя
2 неделя
3 неделя
Преподаватели

Евгений Альберт, PhD

Сотрудник лаборатории геномной инженерии МФТИ


Направление научной деятельности - медицинская генетика

Андрей Девяткин, к.б.н.

Биоинформатик ФГБУ «НМИЦ эндокринологии» Минздрава РФ,
научный сотрудник в лаборатории геномной инженерии МФТИ, преподаватель Факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ им. М.В. Ломоносова

Направления научной деятельности - вирусология, эволюционная биология, молекулярная диагностика, молекулярная эпидемиология

Геннадий Федонин

Сотрудник ЦНИИЭ Роспотребнадзора, лаборатории геномной инженерии МФТИ, ИППИ РАН


Направления научной деятельности - алгоритмическая биоинформатика, геномика патогенов, эпидемиология

Дмитрий Чебанов

Онко-биоинформатик, основатель и руководитель компании-резидента Сколково OncoUnite

Направление научной деятельности – генетика в онкологии, омиксные данные, искусственный интеллект

Виктор Богданов

Руководитель проектов, научный сотрудник лаборатории метаболомных исследований НЦМУ ЭНЦ

Ксения Забудская
Врач-генетик Лаборатории медицинской и молекулярной генетики ФГБУ НМИЦ эндокринологии

Направление научной деятельности - онкоэндокринология

Тимофей Визеров

Врач-лабораторный генетик лаборатории медицинской и молекулярной генетики, отдел клинического анализа данных ФГБУ НМИЦ эндокринологии

Направление научной деятельности - медицинская генетика

Денис Максимов

Биоинформатик, сотрудник лаборатории геномной инженерии МФТИ


Направление научной деятельности - анализ данных секвенирования одиночных клеток

Екатерина Солодовникова

Врач лабораторный генетик ФГБУ НМИЦ эндокринологии


Направление научной деятельности - врождённый гипотиреоз

Виктория Захарова

Врач-лабораторный генетик отдела клинического анализа данных ФГБУ НМИЦ Эндокринологии


Направление научной деятельности - медицинская генетика

Павел Варлашин

Программист-биоинформатик научной группы биоинформатики отдела молекулярной диагностики и эпидемиологии ЦНИИЭ Роспотребнадзора

Направление научной деятельности - филогеография, байесовкий подход в филогенетике

Кирилл Решетников

Биоинформатик научной группы биоинформатики отдела молекулярной диагностики и эпидемиологии ЦНИИЭ Роспотребнадзора

Направление научной деятельности - анализ омиксных данных

Анфиса Попова

Биоинформатик научной группы биоинформатики отдела молекулярной диагностики и эпидемиологии ЦНИИЭ Роспотребнадзора

Направление научной деятельности - эволюционная геномика патогенов

Валерий Павлов
Младший научный сотрудник лаборатории геномной инженерии МФТИ
Направление научной деятельности - медицинская генетика
Направления
Биологи

  • Работа в командной строке
  • Программирование на языке Python и, опционально, на R
Информатики

  • Основы клеточной биологии
  • Основы мол.биологии (транскрипция, трансляция, репликация, регуляция экспрессии генов, эпигенетика, сплайсинг)
  • Основы генетики
  • Молекулярно-биологические методы
  • Методы секвенирования
  • Базы данных хранения нуклеотидных последовательностей. Форматы - NCBI, genbank, fasta, fastq
ТРЕК 1
Основы филогенетического анализа

  • Базы данных хранения нуклеотидных последовательностей. Форматы данных. NCBI, genbank, fasta
  • Обработка данных высокопроизводительного секвенирования. Формат данных fastq. Контроль качества. Тримминг. Программы Fastqc и Trimmomatic. Коллинг. Квазивиды.
  • Выравнивание нуклеотидных последовательностей.
  • Построение филогенетических деревьев.
  • Байесовские методы филогенетического анализа.
ТРЕК 2
Анализ данных NGS

  • Формат данных fastq. Контроль качества. Тримминг. Программы Fastqc и Trimmomatic
  • Выравнивание последовательностей. Референсный геном. Форматы sam и bam. Программы bwa-mem2 и samtools
  • Опциональное - bqsr, mark duplicates, left align indels
  • Коллинг вариантов. Форматы vcf и gvcf. Программа haplotype caller (как пример)
  • Опциональное - когортный коллинг, соматический коллинг, коллинг структурных вариантов. Чем отличается геномное секвенирование от экзомного.
  • *RNA-seq
  • *Single cell
FAQ
Cколько стоит участие в школе?
Участие в школе бесплатное
Какова продолжительность школы?
Школа состоится с 6 по 19 июля 2022 года.
Для кого эта школа?
Школа рассчитана на студентов старших курсов биотехнических специальностей, аспирантов, недавних выпускников, ординаторов и врачей, интересующихся генетикой
Кто будет преподавать на школе?
На школе лекции прочитают ведущие сотрудники и специалисты из ЭНЦ, МФТИ, МГУ, ИППИ РАН и других учебных заведений.
Обеспечат ли организаторы участников проживаением на время летней школы?
К сожалению, такая возможность не предусмотрена.
Какой формат проведения летней школы?
Школа пройдет в очном формате в г. Долгопрудный, на территории кампуса МФТИ. Лекции планируются во все будние дни с 10 до 19 с перерывом на обед. На выходных также будут учебные активности.

18.07 планируется защита проектов перед преподавателями летней школы;
19.07 — закрытие школы и неформальное общение.