Оффлайн, г. Долгопрудный, МФТИ
Во вводной части участники получат необходимые для работы навыки: основы молекулярной биологии, базовые навыки программирования на Python и работы в командной строке. В теоретической — выберут одно из двух направлений, посвященных разным областям анализа биоинформатических данных: вирусология или медицинская генетика, и научатся анализировать биомедицинские данные согласно общепризнанным стандартам. В финале летней школы участников ждет практическую работа и обратная связь по ее итогам от преподавателей.
Более детальное описание треков:
- Биоинформатика — в нуклеотидных и аминокислотных последовательностях вирусов зашифрована информация о динамике распространения, эволюции и патогенности этих облигатных внутриклеточных паразитов. В рамках школы мы научимся расшифровать этот код.
- Анализ NGS данных — про то, как создавать пайплайны для обработки и анализа данных секвенирования, в частности для медицинских целей.
- Лаб генетика — про то, как проводить клиническую интерпретацию данных NGS с целью диагностики наследственных заболеваний.
Евгений Альберт, PhD
Сотрудник лаборатории геномной инженерии МФТИ
Направление научной деятельности - медицинская генетика
Андрей Девяткин, к.б.н.
научный сотрудник в лаборатории геномной инженерии МФТИ, преподаватель Факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ им. М.В. Ломоносова
Направления научной деятельности - вирусология, эволюционная биология, молекулярная диагностика, молекулярная эпидемиология
Геннадий Федонин
Сотрудник ЦНИИЭ Роспотребнадзора, лаборатории геномной инженерии МФТИ, ИППИ РАН
Направления научной деятельности - алгоритмическая биоинформатика, геномика патогенов, эпидемиология
Дмитрий Чебанов
Направление научной деятельности – генетика в онкологии, омиксные данные, искусственный интеллект
Виктор Богданов
Руководитель проектов, научный сотрудник лаборатории метаболомных исследований НЦМУ ЭНЦ
Направление научной деятельности - онкоэндокринология
Тимофей Визеров
Направление научной деятельности - медицинская генетика
Денис Максимов
Биоинформатик, сотрудник лаборатории геномной инженерии МФТИ
Направление научной деятельности - анализ данных секвенирования одиночных клеток
Екатерина Солодовникова
Врач лабораторный генетик ФГБУ НМИЦ эндокринологии
Направление научной деятельности - врождённый гипотиреоз
Виктория Захарова
Врач-лабораторный генетик отдела клинического анализа данных ФГБУ НМИЦ Эндокринологии
Направление научной деятельности - медицинская генетика
Павел Варлашин
Программист-биоинформатик научной группы биоинформатики отдела молекулярной диагностики и эпидемиологии ЦНИИЭ Роспотребнадзора
Направление научной деятельности - филогеография, байесовкий подход в филогенетике
Кирилл Решетников
Биоинформатик научной группы биоинформатики отдела молекулярной диагностики и эпидемиологии ЦНИИЭ Роспотребнадзора
Направление научной деятельности - анализ омиксных данных
Анфиса Попова
Биоинформатик научной группы биоинформатики отдела молекулярной диагностики и эпидемиологии ЦНИИЭ Роспотребнадзора
Направление научной деятельности - эволюционная геномика патогенов
- Работа в командной строке
- Программирование на языке Python и, опционально, на R
- Основы клеточной биологии
- Основы мол.биологии (транскрипция, трансляция, репликация, регуляция экспрессии генов, эпигенетика, сплайсинг)
- Основы генетики
- Молекулярно-биологические методы
- Методы секвенирования
- Базы данных хранения нуклеотидных последовательностей. Форматы - NCBI, genbank, fasta, fastq
Основы филогенетического анализа
- Базы данных хранения нуклеотидных последовательностей. Форматы данных. NCBI, genbank, fasta
- Обработка данных высокопроизводительного секвенирования. Формат данных fastq. Контроль качества. Тримминг. Программы Fastqc и Trimmomatic. Коллинг. Квазивиды.
- Выравнивание нуклеотидных последовательностей.
- Построение филогенетических деревьев.
- Байесовские методы филогенетического анализа.
Анализ данных NGS
- Формат данных fastq. Контроль качества. Тримминг. Программы Fastqc и Trimmomatic
- Выравнивание последовательностей. Референсный геном. Форматы sam и bam. Программы bwa-mem2 и samtools
- Опциональное - bqsr, mark duplicates, left align indels
- Коллинг вариантов. Форматы vcf и gvcf. Программа haplotype caller (как пример)
- Опциональное - когортный коллинг, соматический коллинг, коллинг структурных вариантов. Чем отличается геномное секвенирование от экзомного.
- *RNA-seq
- *Single cell
18.07 планируется защита проектов перед преподавателями летней школы;
19.07 — закрытие школы и неформальное общение.