Организаторы
Летняя школа в рамках конференции “Информационные технологии для персонализированной медицины”
Летняя школа анализа биомедицинских данных
6 - 19 июля 2022 г
Оффлайн, г. Долгопрудный, МФТИ
Мероприятие проводится в рамках реализации Гранта Министерства науки и высшего образования РФ «Программа создания и развития на 2020-2025 годы «Национального центра персонализированной медицины эндокринных заболеваний» (Соглашение №075-15-2020-899)»
Добавьте напоминание себе в google календарь, чтобы не потерять событие!
При осложнении эпидемиологической обстановки возможно проведение школы в формате онлайн
О летней школе
Летняя школа даст вам возможность приобрести навыки обработки биомедицинских данных и состоит из трех частей: вводной, теоретической и практической.

Во вводной части участники получат необходимые для работы навыки: основы молекулярной биологии, базовые навыки программирования на Python и работы в командной строке. В теоретической — выберут одно из двух направлений, посвященных разным областям анализа биоинформатических данных: вирусология или медицинская генетика, и научатся анализировать биомедицинские данные согласно общепризнанным стандартам. В финале летней школы участников ждет практическую работа и обратная связь по ее итогам от преподавателей.
Регистрация
*участие в летней школе бесплатное
Для отправки заявки на участие, воспользуйтесь формой. Каждая заявка будет рассмотрена организационным комитетом летней школы.
Подайте заявку на участие* в летней школе до 1 июня!
Зарегистрироваться на летнюю школу
Фамилия
Имя
Отчество (при наличии)
Место учебы/работы
Должность (студент, аспирант, …)
Страна (Гражданство)
E-mail
Почему вы хотите участвовать в летней школе?
Количество мест на летней школе ограничено, приоритет будет отдан заявкам с ответом на этот вопрос
Преподаватели

Евгений Альберт, PhD

Сотрудник лаборатории геномной инженерии МФТИ.


Направление научной деятельности — медицинская генетика.

Андрей Девяткин, к.б.н.

Биоинформатик ФГБУ «НМИЦ эндокринологии» Минздрава РФ,
научный сотрудник в лаборатории геномной инженерии МФТИ, преподаватель Факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ им. М.В. Ломоносова.

Направления научной деятельности: вирусология, эволюционная биология, молекулярная диагностика, молекулярная эпидемиология.

Геннадий Федонин

Сотрудник ЦНИИЭ Роспотребнадзора, лаборатории геномной инженерии МФТИ, ИППИ РАН.


Направления научной деятельности: алгоритмическая биоинформатика, геномика патогенов, эпидемиология.

Алиса Муравьева

Биоинформатик группы медицинской и популяционной геномики ФГБУ «НМИЦ эндокринологии» Минздрава РФ.

Анна Петухова
Биоинформатик группы медицинской и популяционной геномики лаборатории биоинформатики НЦМУ ЭНЦ.

Направление научной деятельности: анализ данных NGS в медицинской генетике.

Денис Максимов

Биоинформатик, сотрудник лаборатории Геномной инженерии МФТИ.


Направление научной деятельности: анализ сингл селл данных.

Ежегодная российская конференция по информационным технологиям для персонализированной медицины
Также мы проводим
*участие в летней школе бесплатное
Для отправки заявки на участие, воспользуйтесь формой. Каждая заявка будет рассмотрена организационным комитетом летней школы.
Партнеры
Направления
Биологи

  • Работа в командной строке
  • Программирование на языке Python и, опционально, на R
Информатики

  • Основы клеточной биологии
  • Основы мол.биологии (транскрипция, трансляция, репликация, регуляция экспрессии генов, эпигенетика, сплайсинг)
  • Основы генетики
  • Молекулярно-биологические методы
  • Методы секвенирования
  • Базы данных хранения нуклеотидных последовательностей. Форматы - NCBI, genbank, fasta, fastq
ТРЕК 1
Основы филогенетического анализа

  • Базы данных хранения нуклеотидных последовательностей. Форматы данных. NCBI, genbank, fasta
  • Обработка данных высокопроизводительного секвенирования. Формат данных fastq. Контроль качества. Тримминг. Программы Fastqc и Trimmomatic. Коллинг. Квазивиды.
  • Выравнивание нуклеотидных последовательностей.
  • Построение филогенетических деревьев.
  • Байесовские методы филогенетического анализа.
ТРЕК 2
Анализ данных NGS

  • Формат данных fastq. Контроль качества. Тримминг. Программы Fastqc и Trimmomatic
  • Выравнивание последовательностей. Референсный геном. Форматы sam и bam. Программы bwa-mem2 и samtools
  • Опциональное - bqsr, mark duplicates, left align indels
  • Коллинг вариантов. Форматы vcf и gvcf. Программа haplotype caller (как пример)
  • Опциональное - когортный коллинг, соматический коллинг, коллинг структурных вариантов. Чем отличается геномное секвенирование от экзомного.
  • *RNA-seq
  • *Single cell
FAQ
Cколько стоит участие в школе?
Участие в школе бесплатное
Какова продолжительность школы?
Школа состоится с 6 по 19 июля 2022 года.
Для кого эта школа?
Школа рассчитана на студентов старших курсов биотехнических специальностей, а также аспирантов и недавних выпускников.
Кто будет преподавать на школе?
На школе лекции прочитают ведущие сотрудники и специалисты из ЭНЦ, МФТИ, МГУ, ИППИ РАН и других учебных заведений.
Обеспечат ли организаторы участников проживаением на время летней школы?
К сожалению, такая возможность не предусмотрена.
Какой формат проведения летней школы?
Школа пройдет в очном формате в г. Долгопрудный, на территории кампуса МФТИ. Лекции планируются во все будние дни с 10 до 19 с перерывом на обед. На выходных также будут учебные активности.

18.06 планируется защита проектов перед преподавателями летней школы;
19.06 — закрытие школы и неформальное общение.