Организаторы
Летняя школа в рамках конференции “Информационные технологии для персонализированной медицины”
Летняя школа анализа биомедицинских данных
6 - 19 июля 2022 г
Оффлайн, г. Долгопрудный, МФТИ
Оффлайн, г. Долгопрудный, МФТИ
Мероприятие проводится в рамках реализации Гранта Министерства науки и высшего образования РФ «Программа создания и развития на 2020-2025 годы «Национального центра персонализированной медицины эндокринных заболеваний» (Соглашение №075-15-2020-899)»
Добавьте напоминание себе в google календарь, чтобы не потерять событие!
При осложнении эпидемиологической обстановки возможно проведение школы в формате онлайн
О летней школе
Летняя школа даст вам возможность приобрести навыки обработки биомедицинских данных и состоит из трех частей: вводной, теоретической и практической.
Во вводной части участники получат необходимые для работы навыки: основы молекулярной биологии, базовые навыки программирования на Python и работы в командной строке. В теоретической — выберут одно из двух направлений, посвященных разным областям анализа биоинформатических данных: вирусология или медицинская генетика, и научатся анализировать биомедицинские данные согласно общепризнанным стандартам. В финале летней школы участников ждет практическую работа и обратная связь по ее итогам от преподавателей.
Во вводной части участники получат необходимые для работы навыки: основы молекулярной биологии, базовые навыки программирования на Python и работы в командной строке. В теоретической — выберут одно из двух направлений, посвященных разным областям анализа биоинформатических данных: вирусология или медицинская генетика, и научатся анализировать биомедицинские данные согласно общепризнанным стандартам. В финале летней школы участников ждет практическую работа и обратная связь по ее итогам от преподавателей.
Регистрация
*участие в летней школе бесплатное
Для отправки заявки на участие, воспользуйтесь формой. Каждая заявка будет рассмотрена организационным комитетом летней школы.
Подайте заявку на участие* в летней школе до 1 июня!
Зарегистрироваться на летнюю школу
Преподаватели
Евгений Альберт, PhD
Сотрудник лаборатории геномной инженерии МФТИ.
Направление научной деятельности — медицинская генетика.
Андрей Девяткин, к.б.н.
Биоинформатик ФГБУ «НМИЦ эндокринологии» Минздрава РФ,
научный сотрудник в лаборатории геномной инженерии МФТИ, преподаватель Факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ им. М.В. Ломоносова.
научный сотрудник в лаборатории геномной инженерии МФТИ, преподаватель Факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ им. М.В. Ломоносова.
Направления научной деятельности: вирусология, эволюционная биология, молекулярная диагностика, молекулярная эпидемиология.
Геннадий Федонин
Сотрудник ЦНИИЭ Роспотребнадзора, лаборатории геномной инженерии МФТИ, ИППИ РАН.
Направления научной деятельности: алгоритмическая биоинформатика, геномика патогенов, эпидемиология.
Алиса Муравьева
Биоинформатик группы медицинской и популяционной геномики ФГБУ «НМИЦ эндокринологии» Минздрава РФ.
Анна Петухова
Биоинформатик группы медицинской и популяционной геномики лаборатории биоинформатики НЦМУ ЭНЦ.
Направление научной деятельности: анализ данных NGS в медицинской генетике.
Направление научной деятельности: анализ данных NGS в медицинской генетике.
Денис Максимов
Биоинформатик, сотрудник лаборатории Геномной инженерии МФТИ.
Направление научной деятельности: анализ сингл селл данных.
Ежегодная российская конференция по информационным технологиям для персонализированной медицины
Также мы проводим
*участие в летней школе бесплатное
Для отправки заявки на участие, воспользуйтесь формой. Каждая заявка будет рассмотрена организационным комитетом летней школы.
Партнеры
Направления
Биологи
- Работа в командной строке
- Программирование на языке Python и, опционально, на R
Информатики
- Основы клеточной биологии
- Основы мол.биологии (транскрипция, трансляция, репликация, регуляция экспрессии генов, эпигенетика, сплайсинг)
- Основы генетики
- Молекулярно-биологические методы
- Методы секвенирования
- Базы данных хранения нуклеотидных последовательностей. Форматы - NCBI, genbank, fasta, fastq
ТРЕК 1
Основы филогенетического анализа
Основы филогенетического анализа
- Базы данных хранения нуклеотидных последовательностей. Форматы данных. NCBI, genbank, fasta
- Обработка данных высокопроизводительного секвенирования. Формат данных fastq. Контроль качества. Тримминг. Программы Fastqc и Trimmomatic. Коллинг. Квазивиды.
- Выравнивание нуклеотидных последовательностей.
- Построение филогенетических деревьев.
- Байесовские методы филогенетического анализа.
ТРЕК 2
Анализ данных NGS
Анализ данных NGS
- Формат данных fastq. Контроль качества. Тримминг. Программы Fastqc и Trimmomatic
- Выравнивание последовательностей. Референсный геном. Форматы sam и bam. Программы bwa-mem2 и samtools
- Опциональное - bqsr, mark duplicates, left align indels
- Коллинг вариантов. Форматы vcf и gvcf. Программа haplotype caller (как пример)
- Опциональное - когортный коллинг, соматический коллинг, коллинг структурных вариантов. Чем отличается геномное секвенирование от экзомного.
- *RNA-seq
- *Single cell
FAQ
Cколько стоит участие в школе?
Участие в школе бесплатное
Какова продолжительность школы?
Школа состоится с 6 по 19 июля 2022 года.
Для кого эта школа?
Школа рассчитана на студентов старших курсов биотехнических специальностей, а также аспирантов и недавних выпускников.
Кто будет преподавать на школе?
На школе лекции прочитают ведущие сотрудники и специалисты из ЭНЦ, МФТИ, МГУ, ИППИ РАН и других учебных заведений.
Обеспечат ли организаторы участников проживаением на время летней школы?
К сожалению, такая возможность не предусмотрена.
Какой формат проведения летней школы?
Школа пройдет в очном формате в г. Долгопрудный, на территории кампуса МФТИ. Лекции планируются во все будние дни с 10 до 19 с перерывом на обед. На выходных также будут учебные активности.
18.06 планируется защита проектов перед преподавателями летней школы;
19.06 — закрытие школы и неформальное общение.
18.06 планируется защита проектов перед преподавателями летней школы;
19.06 — закрытие школы и неформальное общение.